Těžký déšť narušil program všech týmů v Japonsko, vody bylo tolik, že bylo téměř nemožné dokončit celé kolo během prvních 60 min. Jezdci Toro Rosso to sice zkoušely, ale na trati plné vody to zkrátka nešlo a vrátili se do garáže. Ke konci liják ustal, Adrian Sutil pak zajel nejrychlejší kolo.
Až po hodině vyjelo několik jezdců ke svým prvním pokusům, Fernando Alonso jako první zajel "normální" čas. Během posledních 5 min byl velký provoz, přesto na mokrou trať nevyjel nikdo z Brawnů ani Heikki Kovalainen, vítěz prvního tréninku.
Výsledky 2. tréninku:
