51-ročný Nakamoto prevzal post technického riaditeľa v roku 2006, ale jeho úsilie nebolo korunované dostatočným úspechom. Nielenže požadované výsledky neprichádzali, v priebehu sezón 2007 a 2008 patril monopost Hondy k výrazným sklamaniam. Ostatne medzi konštruktérmi tím obsadil ôsmu, resp. deviatu priečku.
Nakamoto, v súčasnosti žijúci v Anglicku sa po odchode z pretekárskeho tímu Formule 1 vráti do spoločnosti Honda Racing Corporation, kde bude vykonávať funkciu viceprezidenta so zameraním na oblasť motocyklového pretekania.
V spojení s Hondou je Nakamoto už od roku 1983.