Jako na houpačce si musí připadat stáj Toyota. Po včerejším propadáku budou oba bíločervené monoposty startovat z druhé řady, rychlejším byl Brazilec Cristiano da Matta. Technická trať si vynutila několik jezdeckých chyb, ale žádná nebyla natolik vážná, aby musel jezdec z kvalifikace odstoupit.
Pod zataženou oblohou rozjížděli dnešní poslední kvalifikaci letošní sezony jezdci Minardi Kiesa a Verstappen. Prvně jmenovaný dosáhl času 1:37,226, což bylo provizorním Pole position. Holanďan začal výrazně rychleji a znalost okruhu dokázal i v cíli. Jeho letmé kolo bylo o 2,2 vteřiny rychlejší týmového kolegy. Fisichella měl problémy s přetáčivostí a byl jen mírně rychlejší, než Verstappen a Firman s druhým Jordanem byl opět překvapivě rychlejší, než Fisico. První pětku uzavřel Jenson Button. S velkým nasazením však chyboval v zatáčkách Degner i Spoon, kde byl na výjezdu delší, než bylo třeba. Přesto byl o 1,3 vteřiny rychlejší než Firman.
Justin Wilson s monopostem Jaguar R4 byl ve včerejší kvalifikaci 15. a dnes tak začínal 2/4 kvalifikace. Brit zajel čistou jízdu a v posledních dvou úsecích byl nejrychlejší, přesto na čas Buttona po pomalejším prvním úseku nestačil. Da Matta byl výrazně rychlejší a se svojí Toyotou získal provizorní Pole position. Panis s dalším japonským vozem byl o 4 desetiny vteřiny pomalejší. Frentzen prvním mezičasem soupeřil s Toyotami, ale chyba v zatáčce Degner ho stála příliš mnoho času. Domácí Takuma Sato zajel své letmé kolo s několika chybami, které pramenily z výrazně pozdního brždění a zařadil se před jezdce stájí Jordan a Minardi.
Druhou polovinu dnešní sobotní kvalifikace na Grand Prix Japonska zahájil Nick Heidfeld se Sauberem a dosažený čas ho zařadil pouze před týmového kolegu Frentzena. Vzhledem k tomu, že Nick nechyboval, dá se předpokládat, že oba vozy Sauber jedou s jinou strategií. Webber měl problémy s dobržděním v zatáčce Hairpin, přesto byly rychlejší pouze obě Toyoty. Juan Pablo Montoya byl překvapivě na prvním mezičase pomalejší, na druhém ztrátu srovnal a nakonec se ujal vedení s náskokem 7 tisícin vteřiny na Brazilce da Mattu. Barrichello začal velice dobře a i na dalších úsecích náskok zvyšoval. Se 7 desetinami vteřiny k dobru byl tak do té doby nejrychlejším pilotem. Fernando Alonso zajel čisté kolo, ale dosažený čas stačil jen na zařazení před Webbera.
Dramatické vyvrcholení kvalifikace se dalo očekávat, ale že bude hlavním aktérem déšť, bylo pro pět nejrychlejších jezdců včerejšího dne velmi nepříjemné. Na trati se objevily dešťové kapky a s nimi po chvíli i Kimi Raikkonen. Tlak na Fina je o tomto víkendu obrovský. Přes čistou stopu ztratil hned na prvním mezičase na Barrichella 9 desetin a na druhém už 1,6 vteřiny. Na posledním úseku byl rychlejší, ale čas stačil pouze na 7. místo. Týmový kolega Coulthard zajížděl jen o málo rychlejší časy a oba tak budou startovat až za Markem Webberem. Michael Schumacher na tom nebyl jinak a i jeho brzdila vlhká trať a dosažený čas ho zařadil až za Sata. Ralf Schumacher vyjel také s pneumatikami do sucha a s přibývající vodou bylo stále obtížnější monopost na dráze vůbec udržet, což se nakonec v šikaně Triangle Ralfovi nepodařilo. Po hodinách zajel přímo do boxů. Jarno Trulli, jako včera nejrychlejší, své letmé kolo ani nezačal.