Svého týmového kolegu překonal téměř o dvě desetiny. Své nejrychlejší kolo zajel před první zastávkou v boxech, zatímco Alonsův nejlepší čas padl až před druhou zastávkou. U Ferrari byl v nejrychlejším kole o tři setiny lepší Massa.
Kovalainen s Renaultem sice znovu několikrát chyboval, ale v kvalifikaci i v nejrychlejším kole překonal Fisichellu a alespoň částečně si tím napravil reputaci. Pěkný je šestý čas Nico Rosberga s Williamsem. Williamsy byly podle nejrychlejších kol lepší než Renautly. Naopak doslova tragédií je umístění pilotů Hondy, ať už ve výsledkové listině nebo v tabulce nejrychlejších kol. Takuma Sato se Super Aguri opět Hondy překonal.
Nejrychlejší kola Grand Prix Malajsie:
1. Lewis Hamilton - McLaren - 1:36.701 (22)
2. Fernando Alonso - McLaren - 1:36.861 (42)
3. Felipe Massa - Ferrari - 1:37.199 (42)
4. Kimi Räikkönen - Ferrari - 1:37.228 (40)
5. Nick Heidfeld - BMW - 1:37.417 (55)
6. Nico Rosberg - Williams - 1:37.704 (18)
7. Heikki Kovalainen - Renault - 1:37.810 (41)
8. Alexander Wurz - Williams - 1:37.864 (19)
9. Giancarlo Fisichella - Renault - 1:37.879 (44)
10. Jarno Trulli - Toyota - 1:38.016 (40)
11. David Coulthard - Red Bull - 1:38.098 (28)
12. Vitantonio Liuzzi - Toro Rosso - 1:38.447 (21)
13. Takuma Sato - Super Aguri - 1:38.496 (37)
14. Mark Webber - Red Bull - 1:38.540 (55)
15. Rubens Barrichello - Honda - 1:38.566 (32)
16. Jenson Button - Honda - 1:38.658 (54)
17. Robert Kubica - BMW - 1:38.874 (53)
18. Scott Speed - Toro Rosso - 1:39.098 (54)
19. Ralf Schumacher - Toyota - 1:39.243 (52)
20. Anthony Davidson - Super Aguri - 321:39.566 (32)
21. Christijan Albers - Spyker - 1:41.495 (5)