Déšť postavil do první řady Toyotu a Hondu

Na mokrou trať vyjel díky brzkému odstoupení v Brazílii nejdříve z celého startovního pole David Coulthard, kterého následoval další účastník kolize na startovní rovince Antonio Pizzonia. Brazilec ale na jezdce Red Bull ztratil ve svém letmém kole dvě vteřiny. Doornbos s Minardi nabral následně ztrátu šesti sekund. Webber začal s druhým Williamsem rychlým prvním mezičasem, ale na překonání Coultharda to nestačilo. Monteiro nezvládl na mokré dráze svůj Jordan už v zaváděcím kole a do boxů cestoval jako spolujezdec na motocyklu traťového komisaře.

Druhou část kvalifikace otevřel Karthikeyan s Jordanem a podařilo se mu zajet čas lepší Pizzonii. Albers na Jordan Karthikeyana nestačil a duel těchto týmů zatím vyzněl ve prospěch žluté stáje. Jarno Trulli začal rychlým prvním mezičasem, ale následoval smyk v zatáčce Degner, kde napodobil Monteira a i pilot japonského ostře sledovaného týmu svoje letmé kolo nedokončil. Kanaďan Villeneuve se Sauberem bude startovat za Webberem, ale porazil svého týmového kolegu Massu.

K obrovské radosti japonských diváků získal provizorní pole position jejich jediný zástupce ve Formuli 1, jezdec BAR Honda Takuma Sato. Radost však netrvala dlouho, jeho čas překonal hned následující Klien i Ralf Schumacher s Toyotou. Naděje BAR a Hondy se tak upíraly k Buttonovi, ale Brit se musel spokojit s tím, že dnes na mladšího Schumachera nestačil. Barrichello s Ferrari se zařadil mezi jezdce Sauberu, čímž nepotvrdil očekávání, že na mokré dráze je Ferrari nebezpečnější.

Poslední pětici uvedl na dráhu Fisichella, jehož čas však nestačil ani na Buttona. Michael Schumacher začal velmi agresivně, ale po chybě v úvodní pasáži a spuštění prudkého deště dokončil své letmé kolo se ztrátou 6 vteřin. Mistr světa 2005 Alonso neriskoval a on, Kimi Raikkonen a Juan Pablo Montoya nakonec zajeli podobně nekonkurenceschopné časy, Kolumbijec letmé kolo ani nedokončil a zamířil k mechanikům.