Společnost Mugen specializující se nejprve na vývoj technologií pro osobní vozy Honda, později přípravu zákaznických závodních motorů Honda a následně přípravu vlastních motorů F1, založili absolvent Univerzity v Nihonu Hirotoshi Honda a Masao Kimura v roce 1972. Kimura byl inženýr s cennými zkušenostmi ze zrušeného továrního týmu Honda F1. Jméno Hirotoshi Honda navozuje ihned možnou příbuznost s rodinou zakladatele známého výrobce motocyklů a automobilů Soichiro Hondy. A skutečně, Hirotoshimu bylo šest let, když jeho otec Honda Motor Company probudil k životu.
Mugen od svého zrodu úzce spolupracoval s Hondou, která vlastnila 40% akcií. Po 14 letech spolupráce, získávání zkušeností a postavení na obchodní scéně vstoupil Mugen v roce 1986 s požehnáním Hondy do světa okruhových závodů, když připravil nový motor pro japonskou formuli F3000. Jen o tři roky později se proslavil i na scéně mezinárodní. Jeho agregát poháněl monopost Jeana Alesiho startujícího s týmem Eddieho Jordana a napomohl mu k zisku titulu v evropské F3000. Bylo jasné, že Mugen jako odnož špičkovými závodními motory F1 proslavené Hondy stavbě závodních motorů skutečně rozumí a mnohé špičkové stáje nižších formulových šampionátů si zákaznické motory ihned objednaly. V roce 1990 zaznamenal Mugen opravdu úspěšnou sezonu, když poháněly jeho motory vozy šampionů F3 v Británii, Francii, Japonsku i evropského a japonského seriálu F3000.
Ambice Mugenu s úspěchy a finančními zisky nabíraly na obrátkách, ještě v roce 1989 zkonstruovala společnost s pomocí Hondy svůj první motor vhodný i pro Formuli 1. Atmosférický osmiválcový agregát s objemem 3500 ccm se však nasazení v závodech Grand Prix nikdy nedočkal. Honda však stála na přelomu osmdesátých a devadesátých let před problémem. Sama zásobovala špičkový McLaren a bojovala s Renaultem pohánějícím Williams o tituly. Na stranu druhou významně podporovala japonské jezdce, kteří však nebyli schopni špičce jezdeckého pole konkurovat. Nejsnazším způsobem jak jim zajistit závodní sedačku, byla dodávka zákaznických motorů se slevou. Aby ale nedocházelo ke znehodnocení obchodní značky, dostal zelenou na příležitost čekající Mugen.
Během spolupráce odstartované roku 1998 se totiž Mugen s Jordanem dočkal svého druhého vítězství ve Spa zásluhou Damona Hilla a vozy Jordan 198 ve druhé polovině sezony pravidelně bodovaly. Dvě další vítězství přidal o rok později Heinz Harald Frentzen bojující dlouho, leč neúspěšně o titul šampiona.
Úspěchy Mugenu v F1 rostly přímo úměrně se zvyšujícím se zájmem automobilek o prestižní seriál závodů Grand Prix, který přinesl konec jeho zdejšího samostatného účinkování. Honda prodala 40% svých akcií v roce 1999 zpět zakladateli Hirotoshimu Honda a úspěšně se vyvíjející program v Jordanu následně převzalo sportovní oddělení automobilky Honda. Mugen se z Formule 1 stáhl, aby jeho zakladatel později čelil obvinění z korupce. Spolu se svým účetním se měl totiž Hirotoshi Honda podílet na zatajení části zisku, čímž uměle snižovali výši daně. Honda Motor Company se od syna svého zakladatele distancovala.