Přívalový déšť s bouřkami a nebo alespoň dešťové přeháňky, jež předpovídali meteorologové pro sobotní odpoledne, nakonec kvalifikace neovlivnily a nad okruhem panovalo slunečné a horké počasí s teplotou dráhy kolem 50°C.
Diskutovaný systém kvalifikací se alespoň pro GP Malajsie nezměnil a k prvnímu letmému kolu vyjížděli jezdci dle pořadí, v jakém dokončili předchozí GP Austrálie.
Jako první se tak na trať vydal šestinásobný šampion a obhájce titulu Michael Schumacher. Zajel čisté letmé kolo bez agresivních průjezdů zatáček a ujal se vedení. Týmový kolega Barrichello opět volil pomalejší první kvalifikaci a zařadil se ztrátou přes dvě desetiny za jedničku italské stáje. Loňský vítěz Pole position Alonso jel podstatně ostřeji a využíval celé šířky dráhy. Na Michaela Schumachera získal v cíli 6,7 desetin vteřiny. Ralf Schumacher s kontroverzním Williamsem FW26 začal pomaleji než Španěl a už na druhém mezičase ztrácel přes vteřinu. Přes nejvyšší rychlost na rovince ztratil v posledním úseku dalších 5 desetin a z dosud startujících jezdců byl nejpomalejší. Montoya s druhým vozem z Grove jel podstatně agresivněji, ale v cíli byl ještě pomalejší, jak jeho týmový kolega.
Pořadí po 1/4 kvalifikace: Alonso, M. Schumacher, Barrichello, R. Schumacher, Montoya
Druhou část zahájil pilot ambiciózního týmu BAR Honda Jenson Button, na prvním mezičase byl zatím nejpomalejší, ale ve druhém sektoru prakticky stejně rychlý jako Alonso. Přes dlouhou rovinku, jež měla být předností Williamsů, se zařadil před oba piloty modro bílých vozů. Trulli s druhým Renaultem je velmi podobný čas s Alonsem, ale na druhém mezičase ztratil. V samém závěru kola však zajel výborně a s minimální ztrátou se zařadil za týmového kolegu na druhé místo. Coulthard začal rychle, ale v další části kola ztratil, přesto byl rychlejší než Button a Williamsy. Sato se vyvaroval viditelných chyb, ale na jazdce před sebou nestačil. Fisichella se Sauberem jel podobné časy jako Williamsy a v cíli se zařadil mezi Ralfa a Juana Pabla.
Pořadí po 2/4 kvalifikace: Alonso, Trulli, M. Schumacher, Barrichello, Coulthard, Button, R. Schumacher, Fisichella, Montoya, Sato
Další čtvrtinu 1. kvalifikace rozjížděl Klien s Jaguarem. Rakušan se s tratí teprve seznamuje a při letmém kole neriskoval. Výsledkem byl nejpomalejší čas. Da Matta s Toyotou byl na prvním mezičase hodně pomalý a ani v další části nebyl průběh jiný. Zařadil se tak za Jaguar Christiana Kliena. Olivier Panis zajel čisté kolo, ale na proniknutí do Top10 to nestačilo. Giorgio Pantano ke svému letmému kolu nenastoupil, neboť se na jeho voze pilně pracovalo pod starostlivým dohledem samotného šéfa týmu Eddieho Jordana. Massa, třetí a poslední Brazilec na dráze, jel velmi agresivně a zařadil se těsně za do té doby desátého Sata.
Pořadí po 3/4 kvalifikace: Alonso, Trulli, M. Schumacher, Barrichello, Coulthard, Button, R. Schumacher, Fisichella, Montoya, Sato, Massa, Panis, Klien, da Matta
Nick Heidfeld předvedl další ze svých nenápadných kol, bohužel tentokrát ale ne dost rychlých a dosáhl nejhoršího času. Následoval Bruni s Minardi. Po obtížném kole ztratil na Alonsa 5,5 vteřiny. Webber byl spolu s Raikkonenem posledním možným želízkem, které by mohlo zamíchat pořadím na čele výsledkové listiny. Australan zajel velmi rychle a čistě. Jeho čas stačil na zařazení mezi obě Ferrari. Baumgartner byl s druhým Minardi ještě pomalejší a na Bruniho ztratil další vteřinu. Raikkonen začal rychle a na prvním mezičase byl nejrychlejší. Na druhém vedení udržel i když jen o tisícinu. Fin však ztratil v poslední části a skončil až třetí za oběma Renaulty, ale před M. Schumacherem.
Foto: Renault F1 Team