Okruh je situován v podhůří symbolické 3776 metrů vysoké sopky téhož jména blízko tichomořského pobřeží Japonska. Poslední erupce proběhla v roce 1708.
Závodní dráha byla otevřena v roce 1965, ačkoliv realita byla úplně jiná, než plány a projektová dokumentace. Podle původního záměru měl vzniknout okruh po vzoru amerických oválů, ale peníze došly ještě před dokončením klopených zatáček
První přestavba dráhy byla uskutečněna už v roce 1976, došlo k obrácení směru jízdy a úpravě první zatáčky za cílem zrušení pro vozy F1 nebezpečného klopení.
Formule 1 debutovala v Japonsku téhož roku a první závod se uskutečnil právě ve Fuji.
Prvním vítězem se stal Mario Andretti s Lotusem, ale závod poznamenaly nepříznivé povětrnostní podmínky. Hustou mlhu a provazy deště klasifikoval Niki Lauda jako příliš nebezpečné pro závody a po třech kolech odstoupil. Svůj první titul mistra světa pak získal James Hunt.
Druhý závod byl o rok později poznamenán tragickými okolnostmi, když po havárii Gillese Villeneuva zahynul traťový komisař a divák. Nedostatek podpory automobilovým závodům tehdejších japonských představitelů následkem tragédie klesl natolik, že GP Japonska z kalendáře na deset let zmizela.
V roce 2000 koupila okruh automobilka Toyota a v posledních letech prošla dráha a její zázemí mnoha nákladnými změnami.
Velké úpravy samotné závodní dráhy započaly v roce 2003 za přispění renomovaného architekta závodních okruhů Hermanna Tilkeho.
Do původního tvaru přibylo několik zatáček v závěrečné části 4,56 kilometru dlouhého okruhu, celkově je jich nyní 16. Letošní závod je vypsán na šedesát kol.
Přestože se zpočátku hovořilo o dlouhodobém pořádání GP Japonska na okruhu Fuji, skutečnost je jiná a počínaje rokem 2009 začne Fuji po roce alternovat s rekonstruovanou Suzukou.